In der Medizin wird die hygienische Händedesinfektion zur Reduzierung von Krankheitserregern auf den Handoberflächen angewendet. Mittels Händedesinfektionsmittel werden krankheitserregende Keime abgetötet. Die hygienische Händedesinfektion verhindert die Übertragung von Keimen von einer Person zur nächsten und stellt gleichzeitig einen Eigenschutz für das Personal im Gesundheitswesen dar.

Die hygienische Händedesinfektion wird stets vor und nach jedem Patientenkontakt durchgeführt, um zu verhindern, dass Krankheitserreger von Patient zu Patient weitergetragen werden. Außerdem sollte sich das Personal im Krankenhaus vor jeder sterilen Arbeit und nach jeder Arbeit mit potentiell infektiösem Material, wie beispielsweise Urin, die Hände gründlich desinfizieren. Auch nach jedem Kontakt mit der unmittelbaren Patientenumgebung, wie dem Patientenbett, ist eine Händedesinfektion erforderlich.

Zudem ist es sinnvoll für Besucher im Krankenhaus, sich die Hände sowohl beim Betreten des Krankenhauses oder der Station als auch beim Verlassen des Krankenhauses gründlich zu desinfizieren.

Die chirurgische Händedesinfektion ist im Vergleich zur hygienischen Händedesinfektion gründlicher. Sie wird vor einer Operation von allen Personen durchgeführt, welche direkt an der Operation teilnehmen. Da während einer Operation sterile Umstände vorliegen müssen, ist eine sehr gründliche Händedesinfektion vor der Operation unabdinglich.

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Eine hygienische Händedesinfektion wird zur Reduzierung von krankheitserregenden Keimen, wie Bakterien, Viren oder Pilze, angewendet. Im Krankenhaus ist die Übertragung von Mikroorganismen von Patient zu Patient möglichst zu vermeiden.

Bei der Händedesinfektion werden die Keime auf den Handoberflächen auf eine so geringe Zahl reduziert, dass sie keine Infektion mehr auslösen können.

Auf der Hautoberfläche ist die transiente von der residenten Hautflora zu unterscheiden. Die transiente Hautflora sind die Keime, welche sich nur temporär auf der Haut befinden und meist nicht zur körpereigenen Hautflora gehören. Die residente Hautflora ist die, welche sich dort dauerhaft befindet und einen Teil unseres körpereigenen Abwehrsystems darstellt.

Bei der hygienischen Hautdesinfektion ist es das Ziel, den Großteil der transienten Hautflora abzutöten, da diese durch jene Keime gebildet wird, welche von Mensch zu Mensch übertragen wird. Wird eine chirurgische Händedesinfektion angewendet, will man erreichen, dass sowohl die transiente als auch die residente Hautflora reduziert wird. Somit soll durch eine chirurgische Händedesinfektion vor einer Operation jede mögliche Übertragung von Mikroorganismen verhindert werden.

Vor einer Händedesinfektion ist es sinnvoll, den Schmuck an den Händen, zum Beispiel Ringe, sowie Uhren auszuziehen. Aufgetragener Nagellack kann ebenfalls geeignete Nistplätze für Keime bilden und kann somit die Wirkung der Händedesinfektion herabsetzen. Des Weiteren wird das Betätigen des Desinfektionsmittelspenders mit dem Ellenbogen und nicht mit der Hand empfohlen.

Bei der hygienischen Händedesinfektion werden etwa 3-5 ml des Desinfektionsmittels (2 bis 3 Hübe) für mindestens 30 Sekunden auf den gesamten Händen verrieben. Um sicherzustellen, dass sowohl die Fingerkuppen als auch die Fingerzwischenräume gereinigt werden, wird die Händedesinfektion in sechs Schritte unterteilt:

1. Das Händedesinfektionsmittel wird in die Hohlhand gegeben. Anschließend werden die Handflächen aneinander gerieben.
2. Im nächsten Schritt wird die linke Handfläche mit gespreizten Fingern über den rechten Handrücken gelegt und das Desinfektionsmittel durch Aneinanderreiben der Hände gut verteilt. Im Folgenden wird dieser Vorgang umgekehrt und die rechte Handfläche über den linken Handrücken gelegt.
3. Nun legt man wieder Handfläche an Handfläche und reibt beide Hände mit verschränkten, gespreizten Fingern aneinander.
4. Im nächsten Schritt verschränkt man die Hände, indem man die Außenseite der Finger an der gegenüberliegenden Handinnenfläche reibt.
5. Zur gründlichen Desinfektion des Daumens umgreift man diesen mit der anderen Hand und umkreist den gesamten Daumen mit der jeweils gegenüberliegenden Handinnenfläche.
6. Im letzten Schritt werden mit den geschlossenen Fingerkuppen kreisende Bewegungen in der jeweils gegenüberliegenden Handinnenfläche ausgeführt.

Bei der chirurgischen Händedesinfektion ist das Desinfizieren des gesamten Unterarmes bis zum Ellenbogen notwendig. Im Unterschied zur hygienischen Desinfektion sollte eine chirurgische Händedesinfektion mindestens 1,5 bis 3 Minuten betragen. Die sechs Schritte der Händedesinfektion werden auch bei der chirurgischen Desinfektion wiederholt hintereinander durchgeführt. Zudem sollten die Hände während und nach der Desinfektion stets über Ellenbogenniveau gehalten werden, damit die Flüssigkeit von den Händen weg zum Ellenbogen fließt. Wird dies nicht eingehalten, fließt das Desinfektionsmittel zurück in Richtung der Hände, die am intensivsten gereinigt wurden und am sterilsten sein müssen, und es besteht das Risiko, dass dadurch Keime vom Ellenbogen wieder die Handflächen verunreinigen.

Die Händedesinfektion ist beendet, wenn das verteilte Desinfektionsmittel an allen Stellen vollständig getrocknet ist. Durch häufige Händedesinfektion wird die Haut vom Alkohol entfettet und angegriffen. Meist sind in Desinfektionsmitteln rückfettende Komponenten enthalten. Dennoch sollte eine ausreichende Hautpflege der Hände beachtet werden. 

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