Als Hautflora bezeichnet man die unzähligen Mikroorganismen, welche die Haut von außen besiedeln. Dazu zählen unterschiedlichste Bakterien, Sporen und Pilze, die dort dauerhaft oder nur vorübergehend angesiedelt sind. Die Bakterien besiedeln die Haut sehr dicht und sind ein enorm wichtiger Teil der gesunden Flora. So lassen sich in einer gesunden Hautflora etwa 1000 Keime/cm² finden. Sie schützen den Körper vor Krankheitserregern, solange die Haut intakt ist und eine Barriere bildet. Einzelne Körperregionen beherbergen unterschiedliche Arten von Mikroorganismen. An behaarten Körperstellen liegt somit eine andere Flora vor, als beispielsweise an den Handinnenflächen. 

Die Bakterien und Pilze suchen sich die Körperstelle, an welcher ihre Überlebensbedingungen am besten sind. Faktoren, die die Hautflora beeinflussen sind v.a. Feuchtigkeitsgehalt, pH-Wert, Fettanteil sowie die Menge an Hornhaut, desweiteren spielen genetische Faktoren, Alter, Geschlecht oder auch umgebende Klimabedingungen eine Rolle.
So zum Beispiel wachsen an eher fettreichen Körperstellen, wie der Nase oder den Schultern, hauptsächlich sogenannte Propionibakterien und Corynebakterien, da sie die Fette gut verarbeiten können. An Stellen der Hornhaut, wie zum Beispiel der Fußsohle, wachsen stattdessen zahlreiche Pilze, die sich vom Keratin der Haut ernähren können. Erhöht sich die Feuchtigkeit einer Körperstelle, nimmt auch die Zahl der Keime zu.

Einige Mikroorganismen der Hautflora können potentiell auch krankmachend sein und Entzündungen verursachen. Befinden sie sich aber im Gleichgewicht, bleibt die Barrierefunktion der Haut erhalten und funktioniert das Immunsystem der Person ausreichend, stellen sie keine Gefahr für Krankheiten dar.
Durch ihre dichte Besiedlung erschweren sie es sogar krankmachenden, sogenannten „pathogenen“ Erregern, die Haut zu besiedeln. Ist das Gleichgewicht der Mikroorganismen durch innere oder äußere Einflüsse gestört, kann es zu Erkrankungen durch pathogene Keime kommen.
Zu inneren Einflüssen zählt beispielsweise eine Umstellung des Hormonhaushaltes während der Pubertät. Dadurch können pathogene Organismen den Haarfollikel angreifen und entzünden, was zum typischen Bild der Akne bei Jugendlichen führt. Ein äußerer Einfluss zur Störung der Hautflora kann eine übertriebene Händehygiene sein. Durch Beseitigen der gesunden Hautflora können folglich vermehrt krankmachende Bakterien die Haut besiedeln.

Einteilen kann man die Hautflora in eine transiente und eine residente Besiedlung. Wortwörtlich bedeuten die Begriffe „vorübergehend“ und „ansässig“. Während die residente Flora dauerhaft die Haut besiedelt, treten die Mikroorganismen der transienten Flora nur vorübergehend auf, zum Beispiel durch Übertragung von anderen Personen.

Solange die transiente Flora die residente nicht aus dem Gleichgewicht bringt, birgt sie keine Gefahr. In bestimmten Mengen und unter diversen Einflüssen kann die transiente Flora jedoch krankmachend sein. Aus diesem Grund wird versucht, bei der hygienischen Händedesinfektion, wie sie im Krankenhaus stattfindet, vor allem die transiente Flora zu entfernen.Zu den wichtigsten Keimarten, die resident die Hautflora bilden, zählen vor allem Staphylokokkenarten, Corynebakterien, Propionibakterien und an der Haut der Füße einige Pilze. Zur vorübergehenden Flora zählen vor allem der Staphylococcus aureus, Clostridien, Mykobakterien, Colibakterien, sowie weitere Enterobakterien.

Unter dem negativ konnotierten Begriff des Keims versteht man im Allgemeinen alle Mikroorganismen, die krank machen. Die Keime der Hautflora bezeichnen jedoch jegliche Mikroorganismen, die dort ansässig oder vorübergehend leben, krankmachend oder nicht. Durch Kontakt mit Umweltfaktoren oder anderen Menschen, können sich in der gesunden Hautflora auch krankmachende Keime ansiedeln. Ist die Barrierefunktion der Haut gestört, die gesunde Keimdichte zu niedrig oder das Abwehrsystem des Menschen geschwächt, können diese Keime zu Krankheiten führen.

Aktuell beschäftigt vor allem die Krankenhäuser der MRSA-Keim. Auch MRSA (Multiresistenter Staphylococcus aureus) ist ein normaler Hautkeim, der nur krank macht, wenn die normale Hautfunktion geschwächt ist. Er fällt unter den Begriff der transienten Hautflora.
Eine Vielzahl an Krankheiten kann durch das Eindringen der Keime in den Körper ausgelöst werden. Die relevantesten Krankheiten im Krankenhausalltag stellen die Wundinfektionen, sowie die Infektionen von invasiven Zugängen. Bevor durch eine invasive Methode die Hautbarriere durchbrochen wird, muss das Hautareal gründlich desinfiziert werden, damit Keime der Hautflora nicht in das Innere des Körpers gelangen. Vor Operationen muss desinfiziert werden, aber auch vor dem Legen von venösen Zugängen, Blasenkathetern und jeglichen anderen Kathetern, sowie vor Blutentnahmen.

In unserer alltäglichen Umgebung ist die Haut und auch die Hautflora vielen Strapazen ausgesetzt. Durch ein wachsendes Bewusstsein für Bakterien, Viren, Infektionsrisiken und Hygiene steigt auch die Zahl der Hautdesinfektion. Sehr häufiges Waschen, Duschen und Desinfizieren kann jedoch gegenteilige Effekte haben. Es ist deshalb wichtig ein gesundes Mittelmaß zu finden, bei dem die physiologische Hautflora vollständig erhalten bleibt und gleichzeitig potentiell krankmachende Keime beseitigt werden. Mehr hierzu finden Sie unter: Richtiges Händewaschen und Desinfizieren 

Beim Duschen werden der sogenannte Säureschutzmantel und Teile der residenten Hautflora teilweise beseitigt. Durch Seifen werden auch die Fette auf der Haut gelöst und mit abgewaschen. Bei gesunden Menschen bildet sich die Flora für gewöhnlich innerhalb weniger Stunden zurück. Schädlich ist häufiges Waschen insbesondere für Allergiker oder Menschen mit Hautkrankheiten. Da die Oberfläche der Haut einen leicht sauren pH-Wert von etwa 5,5 hat, sind besonders basische Seifen mit hohem pH-Wert nicht zu empfehlen. Teilweise existieren bereits Seifen, denen Desinfektionsmittel zugesetzt ist. Medizinisch sind diese eher nicht zu empfehlen, da sie bei dauerhafter Anwendung vor allem auch die physiologische gesunde Hautflora angreifen. Empfehlenswert ist es für die Hautflora, die Haut fettig zu halten. Übertrieben häufiges Waschen entfettet die Haut. Dagegen helfen vor allem rückfettende Hautcremes aber auch Duschgele, die rückfettend wirken. In Krankenhäusern findet man bereits häufig rückfettende Händedesinfektionsmittel.