Bei Patienten mit einer Bakerzyste gibt es die Optionen konservativ oder operativ zu behandeln. Zunächst wird im Regelfall, je nach Grunderkrankung und Ausmaß der Beschwerden, die Heilung mithilfe einer nicht-chirurgischen Therapie angestrebt.

Neben dem Verabreichen von entzündungshemmenden Medikamenten wie nicht-steroidalen Antirheumatika (NSAR), Steroiden wie Cortison oder anderen Präparaten wie zum Beispiel Hyaluronsäure, bietet sich die Möglichkeit, die Bakerzyste zu punktieren. Dieser Eingriff wird normalerweise entweder von einem Orthopäden durchgeführt.
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Bei der Punktion einer Bakerzyste wird die Flüssigkeit, die sich innerhalb der Zyste angesammelt hat, mithilfe von einer Spritze herausgesogen. Dadurch verliert die Zyste an Größe und die Beschwerden, die durch den im Kniegelenk entstandenen Druck entstanden sind, bessern sich meistens. Allerdings gibt es einen erheblichen Nachteil dieser Behandlung: Sie ist rein symptomatisch.

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Bei der Punktion der Bakerzyste leert man zwar den Inhalt der Zyste aus, aber da die Ursache für die Zyste nicht behoben wird, kann sie erneut wieder volllaufen. Der sogenannte Stiel, also das Verbindungsstück zwischen Gelenkkapsel und Zyste, ist nämlich weiterhin vorhanden. Folglich kommt es also häufig zu Rezidiven, einem erneutem Füllen der Zyste.
Die Entzündung ist außerdem ebenfalls weiterhin vorhanden und kann Probleme verursachen. Es gibt jedoch einige Möglichkeiten, um diese Faktoren auszugleichen. Zum einen kann parallel mit Medikamenten behandelt werden, die die Entzündung eindämmen.
Was immer häufiger praktiziert wird, ist außerdem ein Verfahren, bei dem im Anschluss an die Punktion der Zyste der verbleibende Zystensack direkt mit Cortison ausgespült wird.
Dies kann zwar einige Nebenwirkungen zur Folge haben, zeigt aber prinzipiell eine recht hohe Erfolgsquote. Darüber hinaus muss man einfach darauf achten, dass man die zugrundeliegende Krankheit wie z.B. Rheuma parallel behandelt. Wenn diese unter Kontrolle ist, so verringert sich für einen Betroffenen auch direkt massiv das Risiko, wieder eine Bakerzyste auszubilden.

Wenn man durch die Punktion einer Bakerzyste keine Linderung der Symptome eines Patienten erreichen kann oder wenn sie sich wiederholt neu bildet, sollte man eine Operation in Erwägung ziehen.
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Die Schmerzen während der Punktion einer Bakerzyste werden oftmals mit dem Schmerz während einer Blutentnahme verglichen – im Idealfall bemerkt man lediglich den kurzen Einstich.
Hier ist jedoch zu beachten, dass Schmerz individuell unterschiedlich wahrgenommen wird. Da die Punktion einer Bakerzyste im Normalfall jedoch nur durchgeführt wird, wenn der Betroffene Beschwerden hat, steht meistens die Erleichterung über die gelinderten Beschwerden im Vordergrund.
Zu Schmerzen nach der Punktion kann es leider trotzedem kommen.

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Die Punktion einer Baker-Zyste ist eine symptomatische und keine kurative Therapie, was bedeutet, dass die Ursache der Entstehung einer Baker-Zyste dadurch nicht beseitigt wird.

Mit Hilfe einer Kanüle wird die in der Bakerzyste enthaltene Flüssigkeit entfernt, die Zyste an sich bleibt aber bestehen. Das führt dazu, dass auch nach erfolgreicher Punktion der Bakerzyste die Ursache der vermehrten Entstehung von Flüssigkeit, üblicherweise eine Entzündung im Bereich des Kniegelenks, bestehen bleibt. Um zu verhindern, dass die Flüssigkeit unmittelbar nach Punktion der Bakerzyste wieder nachläuft, sollte das Knie anschließend über einige Tage bandagiert werden. Trotzdem besteht ein erhebliches Risiko, dass es früher oder später zum Nachlaufen von Flüssigkeit in der Zyste kommt.

Ein weiteres Risiko ergibt sich daraus, dass durch die Spritze ein Zugangsweg in das Gelenk eröffnet wird und so Bakterien eindringen können, die sich dort normalerweise nicht befinden. Dies kann zu einer Infektion (septische Arthritis) führen. Durch die strikte Einhaltung von Hygienemaßnahmen kann das Risiko jedoch weitestgehend reduziert werden.

Außerdem kann umliegendes Gewebe wie Gefäße, Nerven, Sehnen und Knorpel verletzt werden. Durch den Einsatz moderner Ultraschallgeräte gelingt das Auffinden der Zyste jedoch meist problemlos, so dass es eine Verletzung anderer Strukturen selten geworden ist. Auch wenn die Cortisongabe im Rahmen einer Punktion einer Bakerzyste umstritten ist, wird der verbleibende Zystensack zunehmend häufiger mit Cortison ausgespült. Cortison ist ein entzündungshemmendes Medikament und bewirkt ebenfalls nur eine Linderung der Beschwerden und keine Heilung der Ursache. Da im Rahmen einer Punktion der Bakerzyste das Cortison direkt an den gewünschten Wirkungsort gespritzt wird, ist die Gefahr der üblichen Nebenwirkungen von Cortison eher gering. Zu Problemen führen kann hier vorwiegend das versehentliche Einspritzen von Cortison in Sehnen- oder Fettgewebe. Dadurch kann es zur Rückbildung des Gewebes kommen. Bei häufiger Anwendung von Cortisoninjektionen erhöht sich das Risiko für Nebenwirkungen, daher sollte jede dieser Injektionen überlegt eingesetzt und generell maximal dreimal im Jahr durchgeführt werden.